У середу, 5 лютого, Баєр зіграв на своєму полі проти Кельна у чвертьфіналі Кубка Німеччини. Кельн відкрив рахунок у матчі завдяки голу Даміона Даунса, а потім Лінтон Майна подвоїв перевагу. Проте Баєр зміг відігратися, завдяки голам Патріка Шику, який оформив дубль, і Віктора Боніфейса. У додатковий час Боніфейс забив вирішальний гол, який приніс Баєру перемогу з рахунком 3:2. Кельн також забив гол, але він був скасований через офсайд. У підсумку Баєр вийшов у півфінал Кубка Німеччини.